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西藏藏医学院前身系西藏藏医学校(中专)和西藏大学藏医系,1989年9月成立西藏大学藏医学院,1993年国家教委教批准独立设置药王山藏医学院,2001年国家教育部批准更名为西藏藏医学院。
据2014年5月学校官网显示,该校设有开设有1个硕士研究生班,3个本科专业,3个专科专业,共有各类在校生2235人。建有校园网、电子阅览室、藏医药学和天文星算学博物馆。学院藏药厂生产藏药品种上百种,其中24种药品获得国家批准文号[1] 。